En tant que fonctionnaires, les professeurs ont dû signer un texte d’obéissance au régime de Vichy :
Premier fait de résistance remarqué : le 11 novembre 1940, qui n’est plus un jour férié sous l’occupation des Allemands, M. BELIN ne vient pas en cours. Il doit être renvoyé mais M. TRINCANO écrit une lettre pour le défendre ce qui lui permet de rester.
Mrs VICHOT, BERTHET et PETITEAU font partie du même groupe de résistants : le groupe Félix.
Grâce aux témoignages recueillis, nous avons beaucoup de renseignements sur Jean PETITEAU. En 1939, il a 28 ans, il est enseignant depuis 5 ans à l’ENH. Son père est professeur d’horlogerie et sa mère ne travaille pas. Il est marié, sans enfant. Au déclenchement de la guerre, il est en vacances (car les cours commencent en octobre) et écourte donc son séjour pour rentrer à Besançon. Même en temps de guerre, l’école ne ferme pas et les cours continuent. Jean PETITEAU commence à faire quelques actes de résistance et est alors contacté par Marcel BERTHET pour rejoindre un groupe, le groupe « Félix », afin de trouver et ramasser des armes. Un jour, un véhicule stationne devant la porte de l’institut de chronométrie (avenue Villarceau aujourd’hui). Selon certains témoins, ce véhicule appartient à la gendarmerie dont certains membres refusent de remettre des armes aux Allemands. Des armes sont déchargées de ce véhicule et entreposées dans les grilles d’aération des radiateurs de l’École. Seul le concierge est dans la confidence, il donne ces armes aux FFI à la libération de Besançon.
PETITEAU et deux de ses élèves impriment des tracts grâce à une machine à imprimer trouvée à l'école et qu'ils ont remise en état. Ils agissent la nuit dans le labo de photographie pour ne pas être repérés, et la diffusion est faite par les étudiants.
Le concierge est en partie au courant de leurs actes de résistance, il sonne une cloche pour prévenir de l’arrivée des Allemands.
En octobre 1942, la Gestapo vient arrêter pendant leurs heures de cours Jean PETITEAU et Marcel VICHOT. André GARRIGUES, ancien élève, présent lors de cette arrestation raconte : « M. TRINCANO frappe à la porte et demande à M. VICHOT de venir, celui-ci prend son veston et part dans le couloir où des soldats de la Gestapo l’attendaient ». Les élèves sont très choqués.
Marcel BERTHET est arrêté quant à lui dans le Haut Doubs : il est vu par un ancien élève dans un bus, menotté et encadré par deux personnes.
Les trois hommes sont conduits à la prison de Dijon où ils sont torturés. Le 24 décembre, Jean PETITEAU est torturé ; de retour dans sa cellule voisine de celle de Marcel VICHOT, il entend celui-ci lui dire « tu as eu les marrons mais pas la dinde ».
Ils sont ensuite déportés à Mauthausen dans un wagon à bestiaux surchargé où l’hygiène est nulle. Ils commencent une tentative d’évasion mais d’autres ayant déjà essayé sans succès, ils abandonnent. À leur arrivée à Mauthausen, ils font 5 km à pied avant d’être dépouillés et rasés. À son retour, en 1945, Marcel BERTHET écrit un témoignage sur sa déportation qui paraît dans le Bulletin de l’Association des Anciens Elèves.
Ainsi, même si les professeurs ont dû signer un texte d’obéissance au régime de Vichy, cela ne les a pas empêchés de s’engager dans la résistance française.